Дело Ходорковского и ЮКОСа оставалось одним из самых громких новостных поводов и во время второго президентского срока Путина. 31 мая 2005 г. суд над Ходорковским завершился, и под неумолкающие протесты оппозиции и зарубежных критиков бывший олигарх был приговорен к девяти годам лишения свободы. 22 сентября 2005 г. срок был сокращен на один год. Однако серьезных оснований считать, что Ходорковский когда-либо выйдет на свободу, наверное, нет.